Minato, un jeune adolescent, vit seul avec sa mère depuis la mort de son père. Son comportement devenant préoccupant à l'école, sa mère demande une réunion avec l'équipe éducative car tout semble désigner l'un des professeurs de Minato comme responsable de ses problèmes. Mais au fur et à mesure, la vérité se révèle bien plus compliquée que prévu...

Composé en trois parties revisitant chacune ce que l'on croit être des faits identiques, L'Innocence révèle peu à peu son brio et sa complexité jamais obscure. Le film rejoint les grandes réussites de Hirokazu Kore-eda, telles que Une affaire de famille, Nobody Knows ou Tel père, tel fils, entre autres.